Račun za pripravo obračuna plače

Tuji davčni zavezanec je pridobil ID številko za namene DDV v Sloveniji (slovensko davčno številko). V Sloveniji imajo zaposlenega delavca (naš državljan, rezident). Mi kot računovodski servis bomo naredili obračun plače za tega delavca (računovodski servis ima ID številko za DDV). Kako pravilno izstavimo račun za naše storitve (z obračunanim slovenskim DDV na njihovo ID številko za namene DDV v Sloveniji ali račun izstavimo brez DDV po 25. členu ZDDV-1 in oni opravijo samoobdavčitev)? Tuje podjetje nima poslovne enote v Sloveniji oziroma zanima nas, kako sami preverimo obstoj poslovne enote v Sloveniji (Ajpes)?